IMF-Agent Ethan Hunt (Tom Cruise) ist inzwischen Ausbilder bei seiner Organisation und steht kurz davor, seine Geliebte Julia (Michelle Monaghan) zu ehelichen, als ihn sein Kollege Musgrave (Billy Crudup) auffordert, an einer Rettungsmission für eine ehemalige Schülerin Hunts teilzunehmen. Die Aktion mißlingt und nun rückt für Hunt der Waffenschieber und Schwarzhändler Owen Davian (Philip Seymour Hoffman) in den Fokus, der für den Tod der Frau verantwortlich ist. Davian will einen biologischen Kampfstoff, die sogenannte “Hasenpfote” weiterverkaufen.Hunt versammelt entschlossen sein Einsatzteam wieder um sich, um den Verbrecher dingfest zu machen. Er kann nicht ahnen, daß er damit sich, sein Team und seine Verlobte in Gefahr bringt, denn Davian ist bösartig und skrupellos und hinter der Aktion steckt mehr, als Hunt ahnt…