Die gefährliche ausserirdische Kreatur Serleena landet in New York und nimmt die Gestalt einer attraktiven Frau an. Durch die Hilfe des auf der Erde abgestellten Scrad will sie das Licht von Zartha sicherstellen, um dadurch die Herrschaft des Universums zu übernehmen. MIB-Agent Jay (Will Smith) versucht sich der Situation zu stellen, muss dafür aber zunächst seinen früheren und ahnungslosen Partner Kay (Tommy Lee Jones) aus dem Ruhestand zurückholen…